近日，来自英国剑桥大学桑格研究院的研究者开发出了一种新型技术，揭开了和原发性胆汁性肝硬变（primary biliary cirrhosis，PBC）相关的三个遗传区域，原发性胆汁性肝硬变是常见的自身免疫肝脏疾病。使用此项技术，研究者就可以研究患者机体基因组的更多遗传区域，并且发现是否这些遗传区域在PBC的易感性上扮演着重要角色。
这项研究刊登在了近日的国际杂志Nature Genetics上。研究者使用了一种称为免疫芯片的DNA微芯片技术，通过结合ENCODE数据库的相关结果，研究者就能够鉴别出哪种类型的细胞在PBC的发病过程中起主要作用。在英国，每3000人中就有1人患PBC疾病，对于该疾病并没有有效的治疗措施。以前的研究中研究者筛选出了22个和PBC风险相关的基因组区域，这22区域中很多都报道了自身免疫疾病相关。
这项研究中，研究者发现了和PBC相关的5个具有多重独立信号路径的遗传区域，其中一个区域在3号染色体上，其包含有4个独立的信号协调系统。这些发现建议，关于疾病区域的基因分型和测序将是一种识别特定遗传风险突变体的行之有效的方法。
研究者Richard表示，这项研究允许我们通过对比类似的自身免疫疾病来更好地理解PBC的遗传风险特征，我们希望我们的研究可以对临床带来一定帮助。
在TYK2基因中最相关的遗传突变是一种低频率的突变，以前报道和多发性硬化症相关，多发性硬化症可以改变基因的编码序列。以前对多发性硬化的研究揭示了携带突变体单一拷贝的个体可以明显降低TYK2的活性，这也就表明，TYK2活性的调整或许是一种PBC潜在的治疗措施。
研究者最后指出，尽管这项研究是对PBC遗传基础研究的一个起点，但是相关的研究会继续深入进行来帮助科学家更好地理解和追踪PBC发病的分子机制。（生物谷Bioon.com）
Dense fine-mapping study identifies new susceptibility loci for primary biliary cirrhosis
Jimmy Z Liu,1, 12 Mohamed A Almarri,1, 12 Daniel J Gaffney,1 George F Mells,2, 3 Luke Jostins,1 Heather J Cordell,4 Samantha J Ducker,5 Darren B Day,2 Michael A Heneghan,6 James M Neuberger,7 Peter T Donaldson,5 Andrew J Bathgate,8 Andrew Burroughs,9 Mervyn H Davies,10 David E Jones,5 Graeme J Alexander,3 Jeffrey C Barrett,1 The UK Primary Biliary Cirrhosis (PBC) Consortium, The Wellcome Trust Case Control Consortium 3, Richard N Sandford2, 13 & Carl A Anderson1, 13
We genotyped 2,861 cases of primary biliary cirrhosis (PBC) from the UK PBC Consortium and 8,514 UK population controls across 196,524 variants within 186 known autoimmune risk loci. We identified 3 loci newly associated with PBC (at P < 5 × 10−8), increasing the number of known susceptibility loci to 25. The most associated variant at 19p12 is a low-frequency nonsynonymous SNP in TYK2, further implicating JAK-STAT and cytokine signaling in disease pathogenesis. An additional five loci contained nonsynonymous variants in high linkage disequilibrium (LD; r2 > 0.8) with the most associated variant at the locus. We found multiple independent common, low-frequency and rare variant association signals at five loci. Of the 26 independent non–human leukocyte antigen (HLA) signals tagged on the Immunochip, 15 have SNPs in B-lymphoblastoid open chromatin regions in high LD (r2 > 0.8) with the most associated variant. This study shows how data from dense fine-mapping arrays coupled with functional genomic data can be used to identify candidate causal variants for functional follow-up.
Nat Genetics：揭示和原发性胆汁性肝硬变相关的遗传风险区域
Orignal From: Nat Genetics：揭示和原发性胆汁性肝硬变相关的遗传风险区域
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